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总公司承包项目施工，材料款可从分公司付款，但谁付款，发票应该开给谁。购买材料付款时为总公司付款，开发票（专票）时必须开到总公司，不能开到分公司，如果发票开给分公司，材料款必须由分公司付。按照购买材料付款时为总公司付款，开发票（专票）时开到分公司，账也是走不通的，总公司是小规模纳税人，购卖的材料不能抵扣进项税，会了钱没有发票不能做账，发票开到分公司，总公司没有材料发票不能做成本，不能结算工程款。分公司是一般纳税人，收到材料发票只有成本没有收入，工程发票也需要分公司开，总公司是不能开专票的，最后结算是需要分公司的，所以按照你们公司的情况，应该由分公司承包项目，收入由分公司收入，购买材问答料由分公司购买。